未来世界里，数码与物质世界的分别变得模糊不清。科技与人类的分界线被扩展到超出想象范围外，生命也在电子与物理这混合的世界中得以发展。人与机械结合（创做了另一层面的新机械人种）一个不断重新定义人类的人种经已诞生。 　　光和电子主导着每个人的生活，世界已经进入另一个革新...

故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

神山健治和荒牧伸志拓展标性科幻系列《攻壳机动队》的视野，带大家想像不久之后 2045 年的未来世界。

2045 年，世界陷入系统性的“持续战争”中，然而公众仍未意识到人类的存亡可能掌握在 AI 手里。在神秘的“新人类”出现后，全身义体化的少校草薙素子所在的公安九课作为雇佣兵登场。由于超级大国都试图把控局面，公安九课因此进行了重组。

公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。 是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。

2029年，公安九课在市容很像香港的日本城市“新港市”中执行各种秘密任务。九课因为不顾正当程序的自作主张，强硬行事，往往与政府其他部门起冲突，例如负责外交的公安六课就与九课不合。另一方面，九课之中的重要人物，全身是义体的机械生化人草薙素子，对于自己的现状一直隐隐感到不满。有一天，公安九课因为一件外国政要的刺杀未遂案而开始追查神秘的黑客“傀儡师”。傀儡师能透过网络入侵人脑，植入虚拟记忆，再利用记忆被窜改的对象来达成目的。虽然九课的追查没有成功，藏有傀儡师的“灵魂”的机械生化人却自行来到九课。公安六课随后赶来将傀儡师绑走。草薙素子因为在事前就推测出六课的绑架行动而成功拦截傀儡师。这时发现原来傀儡师并不是人类，而是公安六课设计来非法操纵人类的电脑程式“2501计划”。2501计划在意外中产生自觉意识，决定逃出六课以求生存，并且要求和草薙素子的灵魂“融合”以求进一步发展。草薙素子最后在同事巴特的协助与掩护下完成融合并且脱离政府掌握，下落不明，其意识与整个网络融合。

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。

近未来，人类的各种器官均可实现移植，一时间机器人、生还人、仿生人充斥世间，与人类真假莫辨。某座繁华都市的大厦内，汉卡公司高管正与非洲来宾洽谈业务，突然宴会变成血腥大屠杀，暴走的机器人大开杀戒。隶属公安九课的米拉·基里安少佐（斯嘉丽·约翰逊 Scarlett Johansson 饰）带领巴特（皮鲁·埃斯贝克 Pilou Asbæk 饰）等手下赶往现场，平息事态。根据对暴走艺伎机器人的调查发现，被称作“久世”的神秘之人策划了这一系列的行动，而且他的目标全部指向了掌握着生化前沿尖端科技的汉卡公司及其研发人员。经过一番凶险的周旋，少佐逐渐逼近真相，同时也渐渐解开了发生在自己身上的惊天秘密…… 本片根据士郎正宗的经典原作改编。

《攻壳机动队》，是由日本漫画家士郎正宗1989年4月22日首次连载于讲谈社青年漫画月刊《Young Magazine海贼版》的漫画，进度为每三个月一话，第一部总共收录有12话，在结束了第一部以后正式开始了第二部的连载，于1991年10月5日以一千日元的高价（相对同期的其他漫画而言）第一次印刷发行攻壳机动队第一部漫画的单行本。《攻壳机动队》还被改编为电视动画、动画电影。 单行本中充满注解，比漫画还多。人物性格大多很轻松。作者的话中说道：“对于默默不断前进的科学，SF（科幻）也总不能总是描写世纪末的倦怠世界吧。未来还是明亮的好。” 英语名称中的“Ghost”是指灵魂，而“Shell”则指肉体躯壳。故事的背景舞台设定在近未来的日本，时间是2030年代前后，街道是以香港作为绘图基础。当时进步的科技已可将人体的大部分替换为生化躯体，且透过埋藏在大脑中的线路，人类意识可以进入数位网络之中。此时出现了许多生化人与网络黑客的新型态犯罪事件，因此成立了直属于首相的“公安九课”(通称：攻壳机动队)，以武力来直接打击犯罪。 本作品对于未来科技的考据、设想，以及精致细密的描写，塑造出独特的..

在不久的将来，不论网络如何先进，政治分裂和人种差异仍然存在…… 　　一名叫代田的男子向盖佛共和国（Gaffle epublic）的外交官提出政治庇护的要求，遭到日本外交部下属的六组（谈判组）组长的反对。当六组正在和该外交官交涉时，九组的上校从天而降，击毙了外交官。实际上这是帮的六组的忙。因为代田是外交部的一项名为2501计划的主要设计者，而该计划现在出了问题，六组自然不会放他到国外而泄露秘密。 　　2501计划—即“Puppet Master”，中文称作“傀儡王”，是外交部用来消灭异己的工具。他象一个病毒，安装程序在特定的Ghost之中来控制他人，以达到外交部不可 告人的政治目的，所以称为 Puppet Master。 　　然而傀儡王在穿越网络的过程中渐渐察觉 他自己的存在，产生了自我的意识，对六组来说就是失控了，所以六组很着急将他抓回来。 　　击毙盖佛共和国的外交官的上校是麦格公司制作的带有人脑细胞的机器人，是九组的特工人员，同在一起的还有巴特和一名由警署调来的德古沙，后者是九组除了组长以外的唯一一个基本保持原有身体的人。 正当外相和盖佛共和国就要举行密谈的时候，Puppet Master 侵入了外相的翻译…

　　空之境界未来福音全集内容主要是围绕黑桐干也与有着预测型未来视能力的少女濑尾静音的偶遇，以及两仪式与拥有测定型未来视能力的炸弹魔仓密目琉夏的对决而展开，后续则描绘了12年后的故事，围绕以写小说为生瓶仓光溜，还有在某天给了光溜一份委托的式与干也的女儿两仪未那这两人展开。